Né le 4 décembre 1804 à Valence, il est issu d’une famille originaire de Savoie. Orphelin à 16 ans, il fait son droit à Paris et en 1838 il achète une charge d’avocat au conseil du roi.
Il entre en politique à 44 ans, en 1848, où il est élu représentant de la Drôme. Il prend place à la droite de l’Assemblée et défend les conservateurs catholiques. Cela explique peut-être sa défaite aux élections législatives de 1849. Juriste éminent, il se rapproche de Louis Napoléon Bonaparte, qui fait appel à lui comme ministre de l’agriculture et du commerce du 9 au 24 janvier 1851. Mais dans l’esprit du président, il ne s’agit que d’un gouvernement provisoire, en attendant que l’Assemblée ait retrouvé ses esprits…
Favorable au coup d’état, il applaudit l’avènement du nouveau pouvoir et devient sénateur. Au Sénat, porte parole des catholiques conservateurs, il est en même temps fervent partisan d’un gallicanisme teinté de laïcité. En 1862, dans un discours retentissant, il fait le procès du pouvoir temporel de l’ Église. Actif autant qu’éclectique, il multiplie les rapports, études, brochures sur des sujets variés, mais se montre extrêmement prudent dans leurs conclusions : il se place dans une position de technicien du droit, dont la fonction est de conseiller le pouvoir. C’est en fait plus la fonction de législateur et de juge qui passionne Bonjean.
Le 4 septembre 1870, resté à Paris, il prend part comme simple garde national à la défense de la capitale assiégée. Arrêté par les communards, il est enfermé à la Roquette. Après avoir passé 64 jours au secret, il est fusillé à Paris le 24 mai 1871.
En baptisant en 1973 une rue « Louis Bonjean, magistrat, 1804-1871 », la ville de Valence, en lien avec le renouveau de la faculté de droit, a voulu garder le souvenir du jurisconsulte plus que du politique.